저는 올해 4월에 자격증으로 면허를 땄는데요, 저 처럼 자격증으로
면허 따려는 분들 참고라도 하시라고 경험담 올립니다.
우선은 필기 접수 할때 신분증이 필요한데요, 민증대신 자격증으로
가능합니다.(걱정했던 지문날인도 요구하지 않았습니다) 
그리고 운전면허를 따려면 3시간인가(?) 교통안전교육을 반드시
받아야 하는데요(필기합격 여부에 관계 없이 받을 수 있습니다) 그
교육을 받을때 출석체크를 하는데 지문날으로
하더라구요(어이없었습니다.ㅋ), 거부 했더니 직원이 종이 한장
주길래 'xxx는 지문날인을 거부합니다. 2006년 x월x일' 이런식으로
적고 해결했습니다.
마지막으로 운전학원에 등록했는데요, 거기서도 처음 등록할때
출석을 위해서 지문날인을 요구하더라구요,, 뭐 또 거부했고 또
각서 같은거 적고 ㅋ 한달 넘게 학원 다니는 동안 지문날인 대신
일일이 싸인으로 대신했습니다. 짜증내는 강사 때문에 좀 눈치
보이기도 했지만 그런대로 견딜 만 했습니다.ㅋ(제가 지문날인을
안해서 강사도 매일 확인증에 싸인해야 했거든요) 
제가 다녔던 학원 벽에 경찰청에서 내려온 안내문이 붙어
있었는데, 그 내용이 - 대리시험 같은 부정행위 때문에 본인
확인을 강화하기 위해 여러 시스템을 고려했는데 비용과 인권침해
등 여러가지 이유로 지문날인 시스템을 도입하게 되었다고....
하지만 지문날인은 반드시 본인이 동의해야 하고 만일
운전학원에서 지문 날인을 강요한다면 신고하라고
되어있었습니다.
그러니까 운전학원에서 지문날인을 강요하는건 명백한
불법이라는거죠. 그러니까 지문날인 하지 않고 면허 따려는 분들
힘내십시오.ㅋ